- 46 видов из 11 семейств,
- не менее 6 видов занесены в Красные книги РФ и Крыма.
В акватории заповедника встречаются многие виды рыб: белуга, осетр русский, севрюга, катран, морской кот, морская лисица, черноморский лосось, сельдь (более 3 видов), 6 видов кефалевых (лобан, губан, сингиль, остронос, губач и пиленгас), ставрида, барабуля, сарган, пеламида, хамса, килька, игла, несколько видов бычков, камбала-калкан, камбала-глосса, морской конек, зеленушка.