Климат Крымских гор — переходный от континентального к морскому, его часто называют горным климатом. Территория заповедника характеризуется субсредиземноморским климатом, близким к климату сухих субтропиков Средиземноморья.

В зависимости от высоты над уровнем моря наблюдается сильное изменение климата:

1) в нижней части он близок к средиземноморскому;
2) с увеличением высоты переходит к умеренно-прохладному и влажному:

• на яйле с повышением высоты на каждые 100 м температура снижается на 0,6°;
• количество осадков увеличивается: до высоты 600−800 м — на 40−5 мм, а выше — 20 мм.